由于經(jīng)濟適用住房跟不上需求，且基本上只售不租，導致許多中低收入家庭買不上也買不起“限價”的經(jīng)濟適用住房，買得起的也只是符合購買條件中那些收入較高的家庭。而當前的住房保障制度，廉租住房一般只面對低保家庭，比重很小，在一些城市中只占到1%。因而造成很大一部分人既沒有財力購買住房，又不夠資格住廉租住房，成了政策“夾心層”。
2、缺乏退出機制
經(jīng)濟適用房主要以售為主，缺乏退出機制，這是它比較明顯的缺陷。因為購買此類房屋的人，一般是經(jīng)濟條件有限的人，而后期很多人經(jīng)濟得到改善之后，因此類房屋價格較低所以不愿退出，一直占用這種政府補貼的住房，這對其他經(jīng)濟條件有限的人來說就不公平了。
3、位置偏僻
大部分的經(jīng)濟適用房都位于城鄉(xiāng)結合部，交通不便，增加了人們的通勤時間;原來的村民和外來人員在此聚集，附近區(qū)域的治安問題比較突出;各種基礎配套設施不夠完善，沒有大型商場，無法滿足人們的日常生活需求，資質較好的醫(yī)院也不會在此建設，萬一家庭成員突發(fā)疾病，不能及時得到醫(yī)治，距離師資力量強的學校比較遠，可能會對家中的適齡兒童學業(yè)造成一定的影響。
4、質量無法保證
由于廉價房沒有效益激勵，一些政府往往只關心提供了多少套房子的目標考核，而很少真正為居住者考慮居住需要。建造廉價房由政府出面組織，效率低下。如果政府直接出面，違背市場經(jīng)濟中專業(yè)分工原則。即使間接出面，中間承接的發(fā)展商不以經(jīng)濟效益為考核，難以達到社會資源的優(yōu)配置。
經(jīng)濟適用房能升值嗎?
經(jīng)濟適用房是屬于國家給予補貼的房租，所以不存在升值的問題。因為經(jīng)濟適用房的產(chǎn)權為共有產(chǎn)權，不屬于個人的，也就是說這類房子的價格通常要低于市場上的商品房，所以沒有升值的情況。如果在經(jīng)濟適用房滿足轉正后，房主要出售的話，那么需要補繳土地出讓金。
經(jīng)濟適用房可以做抵押貸款嗎?
經(jīng)濟適用房可以抵押貸款，但必須是取得完全產(chǎn)權的經(jīng)適房才可以抵押貸款，沒有取得完全產(chǎn)權的經(jīng)適房，產(chǎn)權另外一部分在國家手上，不能辦理抵押貸款，想要取得全部產(chǎn)權需要購買經(jīng)適房滿五年，并且補交差價。